1805组Journal Club简报(2018-04-02)
1805组Journal Club简报(2018-04-02)
发布时间:2018-04-03 08:43    栏目类别:组内生活

     2018年4月2日,硕士研究生吴凡和刘同梅同学在组会上做了文献报告,具体内容如下:

    报告人:吴凡 标题:Co-expressionnetwork analysis of the transcriptomes of rice roots exposed to various cadmiumstresses reveals universal cadmium-responsive genes

    报告内容:本文主要对镉处理后的大米根系中重要的响应基因进行挖掘。首先,作用利用RNA-seq,对结果其进行差异表达分析,并将差异表达基因映射至生物学途径中,得到样本早期对抗镉污染的抗胁迫反应。然后,收集数据库中有关镉处理的RNA-seq数据,共同构建共表达网络,最终揭示了更广泛的与镉胁迫相关的重要基因。其主要过程如下:

        a.基因挖掘流程


        b.高浓度镉离子处理1h,差异表达分析,并映射至生物学途径


        c.构建共表达网络后,进行网络模块挖掘,并对模块进行评价


        d.利用公共数据库的数据、自备RNA-seq数据以及网络模块共同进行基因挖掘

    报告人:刘同梅 报告题目:Expression of Vitis amurensis VaERF20 in Arabidopsis thaliana Improves Resistance to Botrytis cinerea and Pseudomonas syringae pv. Tomato DC3000

    报告内容:乙烯响应因子(ERF)参与植株生长与发育,缓解非生物胁迫等,但在调节免疫方面目前研究仅在大麦、小麦、棉花上,其余作物上了解的还相对较少。所以作者克隆ERF20并在拟南芥中过表达该基因,通过拟南芥-灰霉菌、拟南芥-Pst两种植病体系,研究在提高植物抗病性上的作用。

通过检测病斑直径、病情指数以及过氧化氢、超氧根阴离子、细胞死亡等,证实过表达ERF20植株增强了抗灰霉菌的抗性

过表达ERF20上调了保护相关基因

通过检测菌落数以及过氧化氢、超氧根阴离子、细胞死亡等,证实过表达ERF20植株增强了对PstDC3000的抗性

过表达ERF20上调了保护相关基因

不同植株叶片中在不同时间灰霉菌的生长,图中可以看出转基因中可抑制灰霉菌的生长

转基因中可增强胼胝质的沉积,来抵抗外源病原菌

通过不同的突变体检测气孔开合的状况,发现野生型在3h时气孔打开,然而突变株中气孔还是处于闭合的状态,说明国标大体可以通过气孔的关闭来抵抗外源病原菌的入侵

 
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